Trang chủ

/

Bài báo

Tạp chí Y Dược học - Tập 12 (07) năm 2022

Identification of bacterial pathogens from clinical samples using 16S rRNA sequencing

Nguyen Hoang Bach, Mai Thi Thao Nhi, Ung Thi Thuy, Nguyen Thi Khanh Linh

2022 - Tập 12 (07), trang 64

DOI: 10.34071/jmp.2022.7.9

Tóm tắt

Introduction: Bacterial infections have a substantial impact on global health and can become serious if misdiagnosed with several diseases related to the central nervous, cardiovascular, and respiratory systems. The prognosis in patients with infectious disease strongly depends on early diagnosis and appropriate antibiotic therapy. We aimed to compare the accuracy of genus and species-level identification bacteria using biochemical testing and 16S rRNA sequence analysis.

Material and methods: 50 clinical samples were isolated and identified the pathogenic bacteria by routine laboratory methods. In parallel, DNA was extracted from isolate’s colonies and amplified the 16S rRNA gene by using specific primers. The PCR products were evaluated by agarose gel electrophoresis and direct sequencing by the Sanger method. The sequence data were manipulated by Geneious Prime software. The sequence data matching the Prokaryotic 16S Ribosomal RNA database with a similarity score of ≥ 98% were selected.

Results: Total of 50 clinical samples were isolated and identified the pathogenic bacteria with common biochemical test and API® Microbial Identification. The sequencing data showed that almost species identified by 16S rRNA sequencing matched the biochemical test method. There are 3 species (6%) were identified as different species with the routine methods.

Conclusions: 16S rRNA gene sequencing is more sensitive, easier to manage, more accurate and especially for bacteria that are difficult to identify. 16S rRNA sequencing is considered an effective method to early identify pathogens in clinical samples, and this technique is increasingly being used in microbiology laboratories

Toàn văn

PDF

Trích dẫn bài báo

Nguyen Hoang Bach, Mai Thi Thao Nhi, Ung Thi Thuy, Nguyen Thi Khanh Linh. (2022). Identification of bacterial pathogens from clinical samples using 16S rRNA sequencing. Tạp chí Y Dược học, , 64. DOI: 10.34071/jmp.2022.7.9

Trong số này

Tạp chí Y Dược học thuộc Trường Đại học Y Dược- Đại học Huế được phép hoạt động báo chí theo giấy phép số 1720/GP-BTTTT ngày 15 tháng 11 năm 2010 và được Bộ Khoa học – Công nghệ cấp mã số ISSN 1859-3836 theo Quyết định số 009/TTKHCN-ISSN ngày 22 tháng 03 năm 2011

Toà soạn

Địa chỉ
Tầng 4, nhà A, Trường ĐH Y-Dược Huế
06 Ngô Quyền, TP Huế, Việt Nam

Email

tcydhue@huemed-univ.edu.vn

Phone

0234-3824663

© 2010-2023 Tạp chí Y Dược học . Cơ quan chủ quản: Trường Đại học Y-Dược Huế
Giấy phép xuất bản bản in số 1720/GP-BTTTT ngày 15/11/2010 của Bộ Thông tin và Truyền thông