Hệ vi sinh vật (microbiota) ở người là tập hợp tất cả các vi sinh vật đang tồn tại trên và trong cơ thể người, bao gồm các động vật nguyên sinh, vi khuẩn cổ, sinh vật nhân chuẩn, virus và chủ yếu là các vi khuẩn sống cộng sinh ở các vị trí khác nhau của cơ thể và nhiều nhất là ở đường ruột. Chúng có vai trò quan trọng trong việc bảo vệ, chuyển hóa và miễn dịch cũng như duy trì cân bằng nội môi đường ruột. Khi hệ vi khuẩn đường ruột bị rối loạn có thể dẫn đến rối loạn chức năng của cơ thể vật chủ, do đó chúng góp phần vào cơ chế bệnh sinh và/hoặc tiến triển của bệnh. Một số bệnh đáng chú ý nhất là nhiễm trùng Clostridium difficile, bệnh viêm đường ruột, bệnh celiac và bệnh béo phì. Các liệu pháp điều trị mới có nguồn gốc từ vi sinh vật đã được nghiên cứu như ghép vi khuẩn trong phân, chế phẩm sinh học probiotic và prebiotic ở các bệnh liên quan đã cho thấy sự cải thiện các triệu chứng và mở ra những  hướng tiếp cận điều trị mới trong tương lai.

The human microbiota comprises of collective genomes of microbiota, namely protozoa, archaea, eukaryotes, viruses and  bacteria that live mainly on and within various sites of the human body, with the highest concentrations being found in gastrointestinal tract. Microbiome plays an important role in host protection against invading pathogens, metabolism and immunity as well as maintaining intestinal homeostasis.  Gut microbial imbalance (dysbiosis) may lead to dysfunction of host, thereby contributing to pathogenesis and/or progression of some pathologies. All of them, some of the most noticeable diseases are Clostridium difficile infection, inflammatory bowel disease, celiac disease and obesity. New therapies derived from microbiome studied such as fecal microbiota transplantation, probiotic and prebiotics to target associated diseases have been shown how disease symptoms can be reformed, thus opening new scientific approaches to treatment in the future.